La PQQ puede ser producida por ciertos microorganismos, especialmente bacterias metilotróficas. Algunas plantas y animales también son capaces de producir PQQ. Por ello, esta sustancia parecida a una vitamina se encuentra en diversas frutas y verduras, así como en hierbas, incluidos el kiwi, los pimientos verdes y el perejil. La sustancia también está presente en pequeñas cantidades en la carne, los huevos y la leche. Una fuente particularmente buena de PQQ es la especialidad japonesa Nattō, que se elabora a partir de soja fermentada. Otros alimentos fermentados, como el tofu y el miso, también contienen niveles comparativamente altos de pirroloquinolina quinona.